Longitud del motivo: Aunque aun no elaboro un post donde escriba en terminos generales lo que debo hacer en el verano, puedo resumirlo en una frase muy sencilla: "Construir un poro de membrana utilizando una cadena ligera de inmunoglobulina" (ahora que lo pienso, la frase no es tan sencilla). Uno de los aspectos mas importantes en el modelo de poro es la longitud que puede llegar a tener, ya que si no es la suficiente, dificilmente podra traspasar para la membrana. A continuacion coloco imagenes que esclarecen la longitud que podria llegar a alcanzar mi modelo de poro.
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| Figura 1. Distancia del residuo 62 al 70. El valor esta en anstroms |
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| Figura 2. Distancia del residuo 70 al 80. La distancia tambien esta en angstroms. |
Naturaleza de los residuos que forman el poro: En teoria, el poro debe tener una naturaleza anfipatica. A continuacion coloco una imagen de la filia o fobia que tienen los residuos que constituyen el motivo que es propuesto para formar el poro.
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| Figura 3. Naturaleza de los residuos de la cadena ligera. En rojo se muestran los residuos hidrofobicos y en azul los hidrofilicos. |
Revision bibliografica: Entre el material que he estado consultando, destacan el capitulo de proteinas y el sistema inmune del libro de Lubert Stryer, ademas de una revision de Kagan (2010) donde hablan de proteinas amiloides que adoptan conformacion beta y forman poros.
Ahora, entre las cosas que tengo por hacer en proximas horas es:
- Buscar informacion sobre longitudees, angulos de ataque y arquitecturas tipicas de poros formados tanto por hojas beta como por helices alfa.
- Terminar de leer los capitulos de proteinas y sistema inmune del libro de bioquimica de Stryer.
- Buscar referencias mas concretas sobre grosores de membrana.
